菌袋积水，属培养料含水量过高所致。除拌料加水过多外，灭菌锅内滴水。冬季原料中含冰、雪等，都影响生产者对含水量的把握。
　　菌袋积水，使菌丝体不能长到袋底，在袋的三分之二处即出现花斑状不齐整的吃料线。这些袋一提都觉沉甸甸的，外观一看很明显的积水痕在底部。遇到这种情况，轻者可以把菌袋在吃料停滞时倒置养菌即可，还可以把封盖或棉塞取下倒置；如果积水严重者，切勿倒置，否则会淹死上部菌种或菌丝。
　　正确的作法是用高锰酸钾擦试干净的铁钉，在袋底扎几个小眼，积水严重可多扎几个。眼不要扎得过深，袋破即可，然后放在撒一层石灰（生石灰更好）的菌回上养菌。石灰的厚度应在0．5-1厘米，积水越多石灰越厚。这样能使90%以上积水料袋的含水量恢复正常。当菌丝长满袋之后，用胶布再把袋底部扎的孔粘上，就可按常规划口出耳了。但更应严密操作，也是防患于未然。